پپتون سویا از پودر یا آرد سویا با فرآیند هضم آنزیمی تهیه می شود. این پپتون در فرمولاسیون محیط کشت مورد استفاده قرار گرفته و برای کشت انواع میکروارگانیسم ها مخصوصا قارچها کاربرد دارد. میزان پروتئین در پپتون سویا نسبت به سایر پپتون ها پایین تر بوده (50%) و قسمت اعظم آن را کربوهیدرات ها تشکیل می دهند. پپتون سویا برای کشت انواع قارچها و باکتری های پر نیاز نظیر جنس نایسریا مورد استفاده قرار می گیرد. این پپتون جهت کشت سل لاین های حیوانی نیز کاربرد دارد.
